Bakterien und Pilze im unmittelbaren Wurzelraum spielen eine wichtige Rolle für gesunde Böden, widerstandsfähige Pflanzen und die Biodiversität. In den Merian Gärten soll diese Vielfalt nun erstmals systematisch erfasst und langfristig gesichert werden. Dafür entnimmt das Projektteam in unterschiedlichen Lebensräumen rund 300 Boden- und Wurzelproben. Anschliessend untersucht es die Proben wissenschaftlich und lagert sie im Microbiota Vault in der Schweiz ein. Die daraus gewonnenen Beschreibungen und Genomdaten stellt das Projekt kostenlos der Öffentlichkeit zur Verfügung. Sie sollen künftig unter anderem als Grundlage für den Naturschutz, biodiverses Stadtgrün sowie eine klimaresiliente und ressourcenschonende Landwirtschaft dienen.
Die Christoph Merian Stiftung unterstützt den Aufbau der Wurzelmikrobiom-Sammlung von 2026 bis 2028 mit insgesamt 600'000 Franken. Die Förderung gehört zu den im September 2026 gesprochenen Beiträgen der Stiftung. Insgesamt bewilligte die CMS für 18 Projekte in ihren Förderschwerpunkten Leben, Zusammenhalt und Zukunft 1,3845 Millionen Franken.